Размер зароботной платы Генерального директора определяется и устанавливается на основании подписанного Трудового договора, между лицом принимаемым на должность Генерального директора и Председателем Общего Собрания участников Общества. Т.о. т.к. Вас 2-е о размере з/п Вы должны договориться сомостоятельно. Председателем соответствеенно должен быть другой учредитель (Участник). Зароботная плата остальным собрудникам Общества назначается и начисляется согласно штатному расписанию, утвержденного Генеральным директором Общества, соответственно размер остальным сотрудникам Общества определяется Генеральным директором единолично.
Да и ещё посмотри что у Вас написано в Уставе про функции Единоличного исполнительного органа и про права и обязанности Общего Собрания.